As pesquisas do IPF relacionadas ao comércio são estruturadas segundo cadeias produtivas, considerando-se também suas interligações econômicas que, em geral, são baseados em portfólios de composição diversificada (multinegócios). O acompanhamento das cadeias começa com a identificação das estruturas regionais de produção e se estende até a venda da produção atacadistas do mercado doméstico ou de exportação.

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Continuamente, equipes de pesquisa estão em campo mapeando a estrutura típica de produção das principais regiões do comércio.